Kaišiadorys - mažas žemės lopinėlis Lietuvos žemėlapyje, saugantis savo teritorijoje ne vieną gamtos perlą. Tai europinės svarbos gamtinės buveinės ir draustiniai, turtingi retų į Lietuvos raudonąją knygą irašytų augalų ir gyvūnų. Tai ir meteoritinės kilmės Kaukinės ežeras, apsuptas Kaukinės miško, dešimties kamienų liepa Antakalnio kaime , storiausia Lietuvoje Rumšiškių miško pušis, daugelyje rajonų stūksantys unikalūs akmenys, tyras mineralinis šaltinis Darsūniškio kamine ir dar daug kitų objektų. 

Kraštovaizdis yra miškingas, menkai vandeningas, ryškus žemėvaizdžio kalvotumas, banguotumas ir daubuotumas. Miškingose rajono dalyse reljefas yra lygesnis. Taip pat yra būdingi giliai įsirėžusių upių ir upelų slėniai. Beveik visa rajono teritorija priklauso Neries žemumai ir Nemuno vidurio plynaukštei. Kaišiadorių rajonas priskiriamas prie neežeringų rajonų. Vandenys padengia tik 3,7 % rajono teritorijos. Mūsų kraštas priskiriamas Rytų Lietuvos srities Pietų aukštumos dirvožemio rajonui, kuriam būdingos moreninės aukštumos ir smėlingos lygumos.

Kaišiadorių rajone vyrauja nepastovus žemyninis klimatas. Rajonas piklauso drėgmės pertekliaus zonai, todėl ilgametis santykinis oro drėgnumas apie 81 %. Per metus iškrinta 631 mm kritulių. Absoliuti minimali temperatūra žiemą yra nukritusi iki -33,4oC , absoliuti maksimali temperatūra vasarą +32.5oC .

Kaišiadorių rajonas pagal miškingumą (31,6 %) yra ketvirtas apskrityje (apskrities miškingumas 28,1%), ir devynioliktas Lietuvoje (Lietuvos miškingumas 30,3%). Miškui priskiriamų žemių plotai didėja, tačiau medynų sudėtis kokybės požiūriu menkėja. Mažėja spygliuočių, daugėja lapuočių, kinta jų brandos struktūra. Brandūs medžiai iškertami. Tačiau spygliuočiai vis dar užima 63 % visų medynų (pušynai 38% ,eglynai 25%). Rajono augmenija priklauso Pabaltijo provincijos Dzūkų ir Sūduvos aukštumų rajonui. Mišriųjų miškų masyvus dažniausiai sudaro plačialapiai ir eglynai.Spygliuočių medynai - žaliasamaniai pušynai su eglių priemaiša ir plačialapių medžių rūšimis.Kaišiadorių rajone yra aptikta 70 iš 342 aukštesniųjų ar žemesniųjų augalų įrašytų į Lietuvos raudonąją knygą.

Rajono teritorijoje gyvena arti 2000 vabzdžių, 48 žuvų, 12 varliagyvių, 5 roplių, 221 paukščių ir 55 žinduolių rūšių. Iš 228 rūšių gyvūnų įrašytų į Lietuvos raudonąją knygą net 88 rūšių gyvūnai gyvena Kaišiadorių rajone.

Rajone yra 48 labai vertingi gamtinio kraštovaizdžio objektai, kuriuos savivaldybė paskelbė saugomais. Botaniniais pripažinti 16 objektų, geologiniais 30 riedulių. Jų ilgis vidutiniškai siekia 3,08 m. , plotis 2,26 m. , aukštis 1,88 m. . Valstybės apsaugos statusas suteiktas dviems didžiuliams akmenims Kalvaičių kaime. Bendras saugomų teritorijų plotas užima 8354 ha, t.y. 8,6 % rajono teritorijos.